土地双轨制，即不同用途的国有土地采用两种不同的方式供应，一种是无偿使用的划拨方式，另一种是招标、拍卖、挂牌的有偿使用方式。
早在2004年3月，国土资源部、监察部就联合下发了《关于继续开展经营性土地使用权招标拍卖挂牌出让情况执法监察工作的通知》，要求从2004年8月31日起，所有经营性的土地一律都要公开竞价出让，此前盛行的以协议方式出让经营性土地的做法被正式叫停。
从那时开始，包括住宅、商业等在内的经营性用地全部采用招拍挂的方式入市交易。
中国土地勘测规划院副总工程师邹晓云表示，国土部提出土地资源配置的最终目标是取消土地供应双轨制，意味着无偿使用的土地数量要尽量缩减到最小，无疑在重新强调土地出让政策的改革方向。
“目前开发商参与的经营性用地出让已经全部采用招标拍卖挂牌的方式出让，因此取消土地双轨制对开发商来说并没有什么影响。”SOHO中国董事长潘石屹表示。
“现在只有经营性用地采用招拍挂的方式出让，但一些介于经营和非经营中间的土地，仍然是通过非市场化的划拨方式供应。”中国人民大学土地规划研究中心主任严金明举例说，目前基础设施用地、科教文卫体用地基本都是划拨供应。
据严金明介绍，与招拍挂出让的经营性用地相比，采用划拨方式供应的土地比例并不算小。“而按照国土部的思路，未来这些占据重要比重的土地出让，都要采用透明的有偿出让方式，只有军事、国防、外交、保障房等纯公益性质的土地才能继续采用划拨的方式”。
尽管对于开发商的影响并不大，但严金明认为，取消土地双轨制对于整个土地市场而言意义重大。
“一方面会增加国有土地的收入，防止土地的国有资产流失。另一方面，会使土地市场的竞争更加公开透明、公平合理，从市场机制上防止腐败现象的产生。”严金明认为，未来土地的市场化程度必然会更高。
不过，严金明也坦言，国土部对于这项改革并没有提出时间上的目标，其执行起来也还有一个过程，相应的政策都要进行一些调整，涉及比较复杂。
“其实整个土地在管理方面还是非常软弱的。”潘石屹认为，这从国土部清理闲置土地的力度以及对于小产权房的处理中可见一斑。“其实除了土地供应公开透明之外，现在土地管理方面最大的隐患是小产权房，年年说，但年年都还在建设，如果处理不好的话，将是一个特别大的问题。”
